生物技术研究所主要有两个研究平台：生物化学与分子生物学、微生物学；涵盖三个主要研究方向：细胞分子生物学、蛋白质化学与工程、代谢工程与微生物制药。

细胞分子生物学方向：主要研究终止密码子识别与新生肽链释放的分子机制、细胞中囊泡转运的调控机理、染色体异染色质化的表观遗传学分析以及探索高等植物开花调控的分子机理。

蛋白质化学与工程方向：主要在重组蛋白酶抑制剂与抗肿瘤新药物、蝎毒素抗脑神经胶质瘤靶向性研究、PDZ结构域为靶位的药物研究，IGF-1及MGF基因工程产品开发这五方面开展工作。

代谢工程与微生物制药方向：主要研究多聚羟基烷酸聚酯（PHA）和微生物多糖，以及枯草芽孢杆菌活菌制剂—普百克的微生物发酵，已获得多项成果。